CPUの使用率が上がります。大丈夫でしょうか？

正常な動作なので大丈夫です。

ShotBoothのライン描画エンジンはマルチスレッドに対応しています。マルチスレッドとは処理を並列化して処理時間を速くする技術です。ShotBoothはPCに搭載されているCPUをフルに活用することで、レンダリング時間をできるだけ短くなるように工夫しています。

CG制作ではCPUを効率的に使用するソフトウェアが好まれており、アニメーションをレンダリングする場合はCPU使用率が高い状態が1週間以上続くことも珍しくありません。ただし、熱暴走でPCが不安定になる場合がある点には注意が必要かもしれません。